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本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景,将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。 企业号正在宇宙空间做例行巡航时,舰长皮卡特接到密电,称博格人已联合其他星系的力量,准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化,星际舰队对其不很信任,故没有派其出战。皮卡特不顾命令,仍然参与战斗,之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪,以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。